Zaqatala Dövlət Təbiət Qoruğu respublikamızın ən qədim qoruqlarından biridir. Qoruq 1929-cu ildə Zaqatala və Balakən inzibati rayonlarının ərazisində, Böyük Qafqaz sıra dağlarının mərkəz hissəsinin cənub mikroyamaclarında yaradılmışdır. Ərazisi 23844 hektardır. Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 2008-ci il 17 oktyabr tarixli 370s nömrəli Qərarı ilə Zaqatala və Balakən meşə mühafizəsi və bərpası müəssisələrinin torpaqları hesabına ərazisi genişləndirilərək sahəsi 47349 hektara çatdırılmışdır. Qoruq Gürcüstan Respublikası ilə həmsərhəddir.

Zaqatala Dövlət Təbiət Qoruğunun yaradılmasında başlıca məqsəd bu meşələrin əvəzedilməz torpaqqoruyucu və susaxlayıcı xüsusiyyətlərini saxlamaq, aşağı zonada yerləşən yaşayış məntəqələrini və əkin sahələrini seldən qorumaq, Böyük Qafqazın cənub yamacının təbii kompleksini, bitki və heyvanat aləmini mühafizə etməkdir.

Qoruğun ərazisi meşələr, subalp və alp çəmənlikləri və yüksək sal qayalıqlardan ibarətdir. Böyük Qafqaz sıra dağlarının cənub yamaclarında, dəniz səviyyəsindən 650-3646 m hündürlükdə yerləşir.

Yüksəklik artdıqca qoruğun iqlimi mülayim isti iqlimdən dağ tundrası iqliminə doğru dəyişir. Aşağı və orta dağ qurşaqları (800-2200 m) fısdıq, vələs və palıd meşələri ilə örtülüdür, yüksəklik artdıqca isə bunlar subalp seyrəklikləri ilə, sonra subalp çəmənlikləri (2400 m) daha sonra isə alp çəmənlikləri (3200 m-ə kimi) və nəhayət, subnival və nival qurşaqları ilə əvəz olunur.

Qoruğun ərazisi çox mürəkkəb və kəskin relyefə malikdir. Burada dağlar və yüksəkliklər dərin dərələr və daşlı-qayalı çay sahilləri ilə kəsilir.

Qoruğun şimal hissəsində yerləşən dağlar şiş zirvəli sal qayalardan ibarətdir. Bu qayalar ilin çox vaxtı qar örtüyü altında qalır, cənub hissədəki günbəzvari dağlar isə alp çəmənlikləri ilə örtülü olur.

Zaqatala Dövlət Təbiət Qoruğunun ərazisi öz mənbəyini qoruğun ərazisindən götürən və şimaldan cənuba kimi bütovlükdə bu ərazidən keçən əsas çaylardan Alazan çayının qolları olan Katexçay və Balakənçay ilə çox kəskin kəsilir. Dağ çaylarının suyunun əsasını su ayrıclarında böyük miqdarda yağan qar və yağışlar təşkil edir.

Əsrlər boyu qoruğun ərazisindən axıb keçən əsas çaylar orta dağlıq hissədə hündürlüyü 20 metrə çatan gözəl şəlalələr, keçilməz dərələr yaratmışlar.

Ərazinin əsas suxurları gilli şistlər və qum daşlarından ibarətdir. Qoruğun torpaq örtüyü əsasən ibtidai dağ-çəmən, dağ-çəmən, dağ-çəmən-meşə və qonur meşə torpaq tiplərindən ibarətdir.

Qoruqda 1000-dən artıq bitki növünə təsadüf edilir. Əsas meşə təşkil edən növlərdən fısdıq, palıd, vələs, cökə, göyrüş, şabalıd, qoz, qaraçöhrə, qarmaqvari şam və s. göstərmək olar.

Burada 32 növ məməli, 89 növ köçəri və oturaq quşlar yaşayır. Qoruqda Şərqi Qafqaz təkəsi, maral, qarapaça və çöl donuzu vardır.

1950-ci ildə qoruqda yaradılmış elmi-tədqiqat işlərinin aparılmasına rəhbərlik edən şöbə hazırda da fəaliyyət göstərir, burada qoruğun əməkdaşları və başqa elmi-tədqiqat və tədris institutlarının alimləri tərəfindən beynəlxalq bioloji problemlər üzrə tədqiqat işləri aparılır.

Qoruğun elmi təmayülü-Böyük Qafqazın şimali-şərq hissəsinin ayrı-ayrı zonalarında susaxlayıcı, torpaqqoruyucu və kurort- iqlim əhəmiyyətli dağ çəmənlikləri və meşələrin qorunub saxlanılması və onlardan səmərəli istifadə olunmasına yönəlmişdir.

Çox qiymətli dərman bitkisi olan jenşenin Böyük Qafqazın dağətəyi şəraitində yetişdirilməsi imkanı, dağ çəmənlərinin məhsuldarlığı, yüksək dağ palıdının ekologiyası və onun bərpası, Sosnovski baldırğanı timsalında dağ-çəmən və yem bitkilərinin məhsuldarlığı, dırnaqlıların, habelə həşəratyeyən və yırtıcı quşların bioloji və ekoloji problemlərinin tədqiq edilməsi bu baxımdan əhəmiyyətlidir.